Theo Báo cáo tại phiên họp, bên cạnh những kết quả đạt được, công tác sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã còn tồn tại một số khó khăn, vướng mắc. Trong đó, có 30/56 địa phương gửi phương án tổng thể sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã giai đoạn 2023-2025 chậm so với quy định; số lượng đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã địa phương đề xuất không thực hiện sắp xếp do có yếu tố đặc thù là khá lớn; có 19/30 đơn vị hành chính cấp huyện đề nghị không sắp xếp; cấp xã có 515/1.253 đơn vị hành chính cấp xã đề nghị không sắp xếp. Tại phiên họp các ý kiến đề nghị thời gian tới cần tập trung giải quyết chế độ, chính sách đối với cán bộ, công chức, viên chức bị ảnh hưởng khi sắp xếp, bảo đảm đúng đối tượng, công khai, minh bạch; rà soát, lập danh sách và đánh giá hiện trạng, tình hình sử dụng các trụ sở công để sắp xếp lại, xử lý trụ sở dôi dư; tạo điều kiện thuận lợi cho người dân, doanh nghiệp chuyển đổi giấy tờ do có sự thay đổi từ việc sắp xếp…  Việc sắp xếp phải hoàn thành trước tháng 10/2024 để các địa phương kịp chuẩn bị tổ chức Đại hội Đảng bộ các cấp nhiệm kỳ 2025-2030 tiến tới Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ XIV, trong đó cấp cơ sở thực hiện trong quý I/2025. Như vậy, thời gian thực tế để tiến hành các quy trình sắp xếp còn khoảng 6 tháng. Theo đó Bộ trưởng Bộ Nội vụ Phạm Thị Thanh Trà nêu rõ trong thời gian tới phải tập trung làm tốt công tác tuyên truyền, tạo sự đồng thuận, thống nhất cao cả về nhận thức và hành động trong các tầng lớp nhân dân, đặc biệt là các chủ thể chịu tác động, ảnh hưởng trong quá trình sắp xếp.